Excelente librería matemática para Java

Michael Thomas Flanagan, profesor de una universidad del Reino Unido, lleva varios años desarrollando en colaboración con sus alumnos una librería científica para Java. La librería es muy completa: cuenta con funcionalidad para realizar operaciones con matrices, estadísticas, generación de números aleatorios, propagación de errores, regresión, optimización, transformadas de Fourier, integrales, interpolaciones, buscar raíces, operaciones con números complejos... y un largo etcétera.

Es la mejor librería científica/matemática que yo conozco para Java, o al menos la que más funcionalidad tiene. Tengo experiencia usando sobre todo la parte de transformadas de Fourier, y es la única librería (que no snipet de código) que he encontrado en Java que realice esta función. Java nunca ha sido un bastión fuerte para el cálculo numérico.

Sus puntos débiles son que ha sido desarrollada por científicos, que no por ingenieros de software. El API no está bien diseñada y no emplea convenios Java; la documentación de la librería la han hecho "a mano" sin usar el Javadoc. A menudo resulta necesario hackear la librería para conseguir lo que uno quiere; por ejemplo, ellos proporcionan funcionalidad para representar gráficamente una transformada de Fourier. Pero no proporcionan un widget, sino que lanza un Frame (tan siquiera JFrame) nuevo para representarla.

El otro punto débil es que la licencia no está demasiado clara. Lo único que te vienen a decir es que puedes usarla gratis en proyectos no comerciales. Pero el código no tiene una licencia propiamente dicha. En cualquier caso, como ya he dicho, para mí es la mejor librería científica que hay en Java.

¿Que otras librerías científicas conocéis?