Un suponer:

FileInputStream fileInputStream = new FileInputStream("archivo.xls");
HSSFWorkbook workbook = new HSSFWorkbook(fileInputStream);
HSSFSheet worksheet = workbook.getSheet("archivo");
int nrows= worksheet .getLastRowNum();

Una buena fuente de respuestas: http://stackoverflow.com/questions/tagged/apache-poi

Usando JavaSE 1.7 el input stream se puede obtener mediante:

http://docs.oracle.com/javase/7/docs/api/java/nio/file/Files.html#newInputStream(java.nio.file.Path, java.nio.file.OpenOption...)

que incluye try-with-resources con AutoCloseable:

http://docs.oracle.com/javase/7/docs/api/java/lang/AutoCloseable.html

De los Javadocs de POI

org.apache.poi.hssf.usermodel
Class HSSFSheet

getLastRowNum

public int getLastRowNum()
Gets the number last row on the sheet. Owing to idiosyncrasies in the excel file format, if the result of calling this method is zero, you can't tell if that means there are zero rows on the sheet, or one at position zero. For that case, additionally call getPhysicalNumberOfRows() to tell if there is a row at position zero or not.
Specified by:
getLastRowNum in interface Sheet
Returns:
the number of the last row contained in this sheet, zero based.

getPhysicalNumberOfRows

public int getPhysicalNumberOfRows()
Returns the number of physically defined rows (NOT the number of rows in the sheet)
Specified by:
getPhysicalNumberOfRows in interface Sheet
Returns:
the number of physically defined rows in this sheet

Creo que se puede utilizar así:

int nrows= worksheet .getLastRowNum();
if(nrows == 0 && getPhysicalNumberOfRows() != 0 ){
nrows = 1;
}

Supongo que la información sobre las filas la obtiene de los datos del archivo Excel, y que el número de filas depende de que haya datos en alguna columna de cada fila.
El problema es que el método getLastRowNum() puede devolver un valor 0, y sin embargo haber una fila definida, con datos en alguna columna. Por eso recomiendan verificarlo con getPhysicalNumberOfRows().

¿Usas esta construcción?

// XSSFWorkbook, File
OPCPackage pkg = OPCPackage.open(new File("file.xlsx"));
XSSFWorkbook wb = new XSSFWorkbook(pkg);
....
pkg.close();

// XSSFWorkbook, InputStream, needs more memory
OPCPackage pkg = OPCPackage.open(myInputStream);
XSSFWorkbook wb = new XSSFWorkbook(pkg);
....
pkg.close();

http://poi.apache.org/spreadsheet/quick-guide.html

Un ejemplo más completo:

FileInputStream fis = null;
try {
fis = new FileInputStream("C://miExcel.xlsx");
XSSFWorkbook wb = new XSSFWorkbook(fis);
XSSFSheet sheet = wb.getSheetAt(0);
Iterator rows = sheet.rowIterator();
while (rows.hasNext())
{
XSSFRow row = ((XSSFRow) rows.next());
Iterator cells = row.cellIterator();
while(cells.hasNext())
{
XSSFCell cell = (XSSFCell) cells.next();
String result=cell.getStringCellValue();
System.out.println(result);
}
}
} catch (IOException e) {
e.printStackTrace();
} finally {
if (fis != null) {
fis.close();
}
}

Tal vez este ejemplo sea más claro:

InputStream inputStream = new FileInputStream(destDir);
POIFSFileSystem fileSystem = new POIFSFileSystem(inputStream);
XSSFWorkbook workBook = new XSSFWorkbook(salesFileName);
XSSFSheet sheet = workBook.getSheetAt(0);
totalRows = sheet.getPhysicalNumberOfRows();
System.out.println("total no of rows >>>>"+totalRows);

Que cosa más rara. Está en los Javadocs de esa versión:

org.apache.poi.xssf.usermodel
Class XSSFWorkbook

java.lang.Object
org.apache.poi.POIXMLDocumentPart
org.apache.poi.POIXMLDocument
org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFWorkbook

¿Has incluido también, en las dependencias externas, las librerías de la carpeta ooxml-lib?
Aparte de las librerías poi-ooxml.xxxx de la carpeta raíz de la distribución. No sé si con estas últimas será suficiente.